Koja je razlika između motiva i domene u proteinu?


Odgovor 1:

Hvala za A2A,

ali mislim da je Ameya Dravid točno odgovorila na vaše pitanje.

Dakle, u osnovi, protein motiv je supersekundarna struktura koja se sastoji od alfa helixa i / ili beta lista i slučajne zavojnice. Možda ne mora nužno imati i biološke funkcije.

No, proteinske domene su 3 dimenzionalno strukturirane na / u proteinu koji mogu komunicirati s drugim proteinima / makromolekulama / molekulama i imati neke biološke funkcije. Primjerice, transkripcijski faktori (TF) skupina su proteina koji imaju "domene koje vežu DNA". TF sjede na segmentu promotora ili pojačivača DNA koristeći svoju "vezujuću domenu DNA" prije / tijekom sinteze RNA iz DNA. Neki TF-ovi imaju domenu koja se veže na glavni utor DNA, neki se vežu na Manji utor.

Uredi 1:

Motivi nisu neovisno stabilni (nisu stabilni izvan proteina). Motivi mogu biti dijelovi domena.

Domene su neovisno stabilne.

Uredi 2:

Ako motiv može imati biološku funkciju, može se nazvati domenom. Npr.: Motivi cinka-prsta povezani su s vezanjem DNK, pa se nazivaju i domenama cinka-prst.

Dakle, sva ova sredstva, Motivi su strukturna karakteristika i Domene su funkcionalna područja proteina.


Odgovor 2:

Motiv je definiran kao super sekundarna struktura proteina. Oni mogu biti mali kao tripeptid, jednostavna amino sekvenca koja je uglavnom uključena u neku funkcionalnu ulogu proteina. Primjeri uključuju motiv grčkog ključa, motiv cinka prstom, omega petlju itd. Motivi su uglavnom dio domene, ali obrnuto nije moguće.

Domene su strukturno velike cjeline i uključuju kvaternu strukturu proteina. To su nezavisno presavijeni dijelovi proteina koji se mogu razlikovati i strukturno i funkcionalno. Obično se to smatra ponavljanim jedinicama u velikim proteinima. Primjeri uključuju beta bačvu, PDZ domenu, nabor globina koji se nalazi uglavnom u imunoglobulinu, kadherin se ponavlja u proteinima adhezije ovisnim o kalcijumu.


Odgovor 3:

Motiv proteina je supersekundarna struktura koja sadrži više sekundarnih struktura stabilnog rasporeda, a obično se nalazi u ostalim proteinima, a ne moraju nužno imati sličnost u funkciji.

na primjer: Omega petlja je proteinski motiv s bilo kojim nizom aminokiselina, s jednim uvjetom da bi trebao biti u stanju stvoriti stabilnu strukturu koja nalikuje grčkom slovu omega. To motiv čini izuzetno čestim, ali o njemu se ništa ne može reći njegov značaj u funkciji proteina.

Suprotno tome, domena proteina je stabilna struktura sa specifičnom, određenom funkcijom u proteinu i može postojati neovisno o proteinu, tj. Može zadržati svoju strukturu čak i ako je odvojena od proteina.

na primjer: domene SH2 (src homologija 2) nalaze se u signalnim putovima na putu JAK-STAT koji su odgovorni za kontrolu transkripcije određenih gena. Funkcija ove domene je vezanje proteina koji sadrži tu domenu na specifičnim mjestima u membranskom proteinu.